Kritisk brist på kvalitetsutsäde av produktiva och adaptiva sorter är förmodligen den största begränsningen för potatisproduktion i SSA-länder. Skörden och kvaliteten på den producerade potatisen är beroende av kvaliteten på utsädespotatisen. De flesta småbrukare i SSA återvinner utsädespotatis under flera säsonger, vilket resulterar i låga skördar av sämre kvalitet på grund av utsädesdegenerering, som orsakas av utsädesburna sjukdomar. Det är också känt att många småbrukare sparar små knölar från sina skördar som de inte kan sälja som utsäde vilket ökar sannolikheten för virusinfektion, inklusive mycket viktiga avkastningssänkande virus: potatisbladsrullevirus (PLRV) och potatisvirus Y (PVY). Ännu värre är att det finns bönder som använder till utsädespotatis som de köper från okända källor, vilket ökar chanserna att inte bara sprida virus utan även spridning av bakteriell vissnighet (BW) orsakad av Ralstonia solancearum, bland flera andra fröburna sjukdomar som är kända för att minska avkastningen.
Eftersom de är medvetna om denna mycket farliga trend har offentliga forskningsorganisationer, kommersiella bönder, icke-statliga organisationer och den privata sektorn stött produktionen av utsäde av bättre kvalitet genom formella, mellanliggande (även kallade alternativa) och informella utsädessystem. Det formella utsädessystemet, som följer strikta produktions- och utsädescertifieringsprocedurer, är ett mycket säkert sätt att producera kvalitetsutsäde. Den strängaste utsädespotatiscertifieringen utövas i Kenya av Kenya Plant Health Inspectorate Service (KEPHIS). Det formella utsädet täcker dock bara mindre än 5 % av behovet av potatisutsäde i de flesta framgångsrika länder som Kenya, och är fortfarande mindre än 3 % i de flesta SSA-länder. Detta system producerar dyrt utsäde som bönderna inte lätt har råd med, och produktionen är begränsad till endast ett fåtal platser vilket ökar transportkostnaderna för att nå bönderna. Detta i kombination med små kvantiteter som den producerar gör det inte till en effektiv problemlösare utan till en grund för efterföljande system. Det alternativa eller mellanliggande systemet har både de formella och informella komponenterna och produceras närmare bönderna. Detta system följer för det mesta ett produktionssystem för kvalitetsdeklarerat utsäde (QDS) enligt vissa kriterier, som kan variera mellan länder. I Etiopien, även om det är mindre strikt än det formella när det gäller virusinfektion och renhet, har den nolltolerans mot BW, eftersom det är den mest förödande sjukdomen hos potatisen i landet. Kenya har också nolltolerans mot BW. Denna typ av utsäde produceras av utbildade kommersiella bönder, kooperativ och några avancerade småbrukare. Dessa producenter får basutsäde från forskningscentra (formellt system) och bulkar vidare utsädet för att få kvantiteter enligt QDS-reglerna. Fröet de producerar inspekteras av statliga inspektörer, till exempel i Etiopien både på fältet och i butiken (diffused light store, DLS). Detta frö kan infekteras med BW i processen för QDS-produktion om jorden är angripen av bakterien. Tyvärr kan detta inte lätt upptäckas av inspektörer eftersom de endast utför visuell inspektion.
För att införa ett starkt kvalitetsutsädessystem för att förbättra prestandan hos de tre systemen som diskuterats ovan, är tillgången på ren tidig generation utsädespotatis en förutsättning. De flesta länder i SSA, bland annat Burundi, Etiopien, Kenya, Malawi, Rwanda, Tanzania och Uganda, har grundläggande infrastruktur, inklusive vävnadsodlingslaboratorier, aeroponics och skärmhus där rena miniknölar produceras från in vitro-plantor. I vissa av dessa länder har aeroponikenheter inte använts effektivt på grund av strömavbrott och brist på näringsämnen. Dessutom är det uppenbart att notera att det finns en möjlighet att sprida BW med tidig generations utsäde eftersom testning för BW i varje steg av den tidiga generationens fröproduktion med början från miniknölar inte är strikt implementerad. Vissa studier har visat att BW har spridits till icke-traditionella höglandsområden med frörörelser troligen från forskningscentra.
Trots allt detta är vissa trender i förhållande till kvalitetsutsädeproduktion uppmuntrande, till exempel producerar Kisima gård cirka 200 ha utsädespotatis per år som är officiellt certifierad att vara ren. I Etiopien producerar många kooperativ och vissa kommersiella bönder även QDS som har acceptabel kvalitet, vilket är ett steg i rätt riktning. Allt stöd som ges till produktion av kvalitetsutsäde för försäljning till potatisproducenter i SSA kommer att bidra till omvandlingen av potatisindustrin, vilket gör det möjligt för den att väsentligt bidra till hushållens livsmedelsförsörjning och inkomster och till makroekonomin i respektive länder.
Kisima gård är den största certifierade utsädespotatisproducenten i Kenya och levererar cirka 75 % av den totala certifierade utsädespotatisen som finns tillgänglig i landet. Den producerar utsädespotatis för jordbrukare föredragna sorter som huvudsakligen är KALRO/CIP-uppfödda och vissa HZPC-sorter baserade på efterfrågan. Årligen producerar den över 4000 MT potatis, varav 75 % är kvalificerat som utsäde med en knölstorlek på 28-45 mm (storlek 1) och 45-60 mm (storlek 2). För att säkerställa att utsädespotatisen den producerar är ren, utgår den från in vitro-plantor som den skaffar från GTIL och Stokmen Rozen och odlar i aeroponics för att producera miniknölar som senare bulkas till mängd i ren jord.
Många småskaliga utsädesförökare, antingen individuellt eller organiserade i grupp, har börjat odla kvalitetsutsäde från det certifierade utsädet de köper från Kisima gård, som de säljer till andra potatisodlare. Dessa bönder har tjänat mycket pengar då deras avkastning ökat med cirka 60 %, vilket resulterat i en motsvarande ökning av hushållens inkomster. Lantbrukare behöver inte alltid åka långa sträckor till Kisima för att få kvalitetsutsäde eftersom sådana småskaliga utsädesproducenter gör det tillgängligt nära dem.